Dette er del to av en tre-delt serie. Del én kan ses her.

Ordliste

For å oppnå klarhet, siden mye av den følgende utredningen omfatter vitenskapelig terminologi, ytterligere tilslørt av forkortelser i Twitter-utvekslingtråder og andre online-utvekslinger, kan ei ordliste med nøkkelord og forkortelser være til nytte for leseren.

• ACE2: Angiotensin-konverterende enzym II, et enzym på overflata av mange menneskelige celler, målrettet av SARS-CoV-2’s piggprotein

• CTCCTCGGCGGG: Bokstaver som indikerer en bestemt streng av de fire nukleotidene som utgjør alt grunnleggende genetisk materiale, for eksempel aminosyrer

• FCS: Furin-spaltningssted, en lokalisering på SARS-CoV-2’s piggprotein der proteinet lett kuttes over av en protease som kalles furin, og hjelper det til å invadere celler i et menneske som vertsorganisme

• MERS-CoV: Viruset som forårsaket 2012-pandemien kalt Middle East Respiratory Syndrome, som også var forårsaket av et koronavirus

• Protease: Et enzym som hjelper proteiner å brytes ned i mindre komponenter; furin er ett

• nCoV2019: Et tidlig akronym som refererer til viruset nå kalt SARS-CoV-2

• RaTG-13: Et flaggermusvirus funnet i huler i Yunnan-provinsen i Kina, genetisk likt SARS-CoV-2, men ikke en forløper til det, til tross for påstandene fra konspirasjonsteoretikerne

• RRAR: En sekvens av aminosyrer som finnes i noen virus

• S1/S2-grense: Det punktet på SARS-CoV-2’s piggprotein der furin-spaltningsstedet er lokalisert for å dele proteinet mest effektivt

• SARS-CoV-1: Viruset som i 2012 forårsaket SARS-pandemien, som i vesentlig grad ble begrenset og kontrollert

• SARS-CoV-2: Viruset som forårsaker Covid-19

• WIV: Wuhan Institute of Virology, laboratoriet der dr. Shi Zhengli har forsket på koronavirus fra flaggermus

Dr. Kristian Andersen

Når det gjelder dr. Kristian Andersen og hans forklaringer for arbeidet han utførte på SARS-CoV-2 og de vitenskapelige konklusjonene han kom fram til, er informasjonen nedenfor rekonstruert fra Twitter-utvekslingstråder han la ut, i diskusjoner med andre forskere og publikum generelt. Materialet han presenterte, som aldri ble rapportert av hovedstrømspressen, besørger omfattende svar på viktige vitenskapelige spørsmål og for bekymringer som blir reist.

Den 6. juni ble dr. Andersens Twitter-konto uforklarlig slått av. Ifølge en Newsweek-rapport den 7. juni: «Dr. Andersen fjernet siden på sosialmedieplattformen etter publiseringen av en e-postutveksling mellom ham selv og dr. Fauci.»

Dette refererer til stormen av høyreekstreme forvrengninger, der de første diskusjonene blant forskere om virusets opprinnelse, som inkluderte vurderingen av en lekkasje fra laboratoriet som en hypotese, blir framstilt som bevis for at hypotesen om en lekkasje fra laboratoriet bevisst ble undertrykt av politiske grunner, heller enn forkastet, fordi den rett og slett ikke passet med fakta.

Andersen har vært standhaftig på SARS-CoV-2-virusets naturlige opprinnelse siden han arbeidet med saken tidlig under pandemien, som førte til den kritisk viktige «Proximal Origins»-rapporten publisert i Nature Medicine i mars 2020.

I kontekst av hans tidligere oppriktige og åpne responser kan man anta at denne handlingen av selvsensur ble utført under påvirkning av det ekstreme press han må ha møtt fra media og det politisk etablissementet. Det er en slående kontrast mellom mediepromoteringen av Wade, en åpent erklært tilhenger av pseudo-vitenskapelig rasisme, og kneblingen av Andersen, en av de fremste autoriteter innen vitenskapen om virologi.

Utvekslingstrådene referert nedenfor ble kopiert og lagret av denne forfatteren, i påvente av en slik hendelse.

I en av disse Twitter-utvekslingene, som besvarte Roger Pielke Jr., professor i miljøstudier ved University of Colorado i Boulder, der han kommenterte Andersens innledende spekulasjoner om en laboratorieopprinnelse, forklarte dr. Andersen at da han opprinnelig hadde funnet genomet til SARS-CoV-2 inkonsistent fra evolusjonsteoriens ståsted, betydde det at «vi trodde, basert på et preliminært synspunkt, at viruset kunne ha blitt konstruert og/eller manipulert. Det viser seg at dataene antyder noe annet – som er konklusjonen i vårt dokument.»

Ett lagret dokument fortjener en mer fullstendig sitering. Dr. Andersen skrev: «Etter at jeg fulgte opp noen av mine e-poster til dr. Fauci, fra begynnelsen av 2020 om SARS-CoV-2 (nCoV), dukket det opp noen viktige spørsmål: 1) Hva så mannipulert ut for deg? 2. Hva fikk deg til å ombestemme deg?»

Hans svar på spørsmål 1:

For våre preliminære studier var det svært begrensede data med bare omtrent ti genomer fra Wuhan, og genomet til RaTG13 var enda ikke tilgjengelig, og heller ikke CoV-gener fra pangolinene [Det har blitt spekulert om at disse dyrene kan være den mellomliggende verten for SARS -CoV-2]. Vi var veldig godt klar over CoV-forskningen som pågår ved WIV. Det var karaktertrekk ved Sars-CoV-2 som for oss syntes unike, og på den tiden ikke hadde en umiddelbar og åpenbar evolusjonær forløper.

Funksjonene som skilte seg ut for oss den gang var: 1) Furin-spaltingsstedet (unikt i det sarbecovirus-undergenus som SARS-CoV-2 tilhører, selv om det er tilstede i flere betakoronavirus, genus for SARS-CoV-2), 2) SAR-CoV-2’s Reseptor-Bindende Domene (unikt den gang, og vår modellering antydet at det kunne være et sterkt, om ikke perfekt menneskelig ACE2), 3) Et unikt restriktivt enzym BAMHI, etterfulgt av et høyere nivå av konservering mot slutten av piggproteinet, og 4) Noen få andre rester funnet å være viktige, fra forskning på SARS-CoV-1.

Noen forklarende punkter om utlegningen ovenfor.

For det første, selv om furin-spaltingsstedet er unikt for et virus som SARS-CoV-2, er et slikt sted nødvendig for mange virussykdommer, deriblant HIV, Ebola og til-og-med influensa. Det ble oppdaget at MERS-CoV hadde et slikt spaltingssted og kan forklare den svært dødelige naturen til en infeksjon av dette viruset. En nylig fylogenetisk analyse, utført av Suwen Zhao og Yiran Wu, publisert i tidsskriftet Stem Cell Research, fant at furin-spaltningssteder i pigg-delen av genomet har funnet sted uavhengig flere ganger i deres evolusjon, og støtter oppfatningen av det naturlige opphavet. Det har blitt antatt at disse spaltningsstedene kan gjøre viruset mer overførbart. På tidspunktet for deres første glimt inn i sammenhengen, økte dette unike funnet deres bekymringer.

For det andre, Anderson bemerket at selv om viruset ikke effektivt bandt seg til den menneskelige ACE2-reseptoren, var bindingen tilstrekkelig sterk til at den prikket deres interesser for en mulig bioteknologisk manipulering. Siden har dr. Edward Holmes, fra University of Sydney, funnet virus som ligner på SARS-CoV-2 som svakt kan binde menneskelige ACE2-reseptorer, uten at det er nødvendig med et furin-spaltningssted i det hele tatt.

Nicholas Wade og flere andre forfektere av lab-lekkasje-teorien har reist furin-spaltningsstedet for å antyde at dette er kjennetegnene for kalkulerte manipuleringer. Furin er et bestemt enzym/protein hos mennesker som kutter over spesielle seksjoner i andre proteiner for å aktivere dem. SARS-CoV-2-viruset inneholder et slikt sted på piggproteinet. Når dette kuttet finner sted tillater det viruset å endre seg til sin aktive form og binde ACE2-reseptoren og komme seg inn i vertscellene. Påstanden til konspirasjonsteoretikerne er at furin-spaltingsstedet «sømløst» ble ført inn i en forløper, flaggermusviruset RaTG13, for å lage SARS-CoV-2.

La oss høre hva dr. Andersen uttalte i en annen Twitter-utveksling om dette emnet:

SARS-CoV-2 furin-spaltningsstedet er nok en gang i nyhetene – denne gangen på grunn av et sitat fra nobelprisvinneren David Baltimore. Stedet er ikke en ‘rykende pistol’, og ‘det utgjør heller ikke en kraftfull utfordring av idéen om en naturlig opprinnelse. Furin-spaltingsstedet (FCS)/polybasisk spaltingssted er til stede i SARS-CoV-2 ved S1/S2-sammenstillingen av piggproteinet, der det formidler kuttingen (av vertens protease furin, blant andre) av piggproteinet, som fordres for cellers infeksjon.

FCS ble skapt ved en out-of-frame innsetting av ‘CTCCTCGGCGGG’ som skapte ‘(P)RRAR’-aminosyresekvensen, som utgjør et suboptimalt polybasisk spaltningssted som er viktig for å utvide SARS-CoV-2’s vertsområdet, virusets overføring og patogenese, osv. FCS-er er rikelige, inkludert at de er svært utbredte i koronavirus. Mens SARS-CoV-2 er det første eksemplet på et SARSr-virus med en FCS, har andre beta-koronavirus (genus for SARS-CoV-2) FCS-er, deriblant MERS og HKU1.

Det er ikke noe mystisk med det å ha et ‘første eksempel’ på et virus med en FCS. Viruser som så langt har blitt tatt prøver av, gir oss bare en bitte-bitteliten brøkdel av alle virusene som sirkulerer i naturen. Fragmenter – som dette CTCCTCGGCGGG – kommer og går hele tiden.

Nukleotider, kodoner og aminosyrer

Kort fortalt, for å skulle forklare ovennevnte Tweet, alle levende celler eller virus som bruker levende cellers maskineri, må oversette deres DNAs eller RNAs genetiske materiale til proteiner. De fire grunnleggende nukleotidene representerer det genetiske materialets byggesteiner, eller bokstavene, for å stave ut proteinet som skal konstrueres. C står for Cytosin, A for Adenin, G for Guanin og T for Tymin. Et femte nukleotid er Uracil, anvendt i RNA.

En triplett av nukleotider lager et «codon» som betegner ei aminosyre. Triplettnukleotidene kan sekvenseres i forskjellige former. For eksempel kan aminosyren Alanin, betegnet med symbolet A, lages ved en kombinasjon av GCT, eller GCC, eller GCA, eller GCG. I alt anvendes 20 aminosyrer som byggesteiner for alle proteiner. Dette er i hovedsak komponentene som anvendes av celler for å lage de proteiner og enzymer de trenger for å utføre deres biologiske funksjoner.

Sekvensen av nukleotider som er nevnt av dr. Andersen fører til aminosyre-sekvenser betegnet med bokstavene RRAR (R er her Arginin og A er Alanin). Tidlig i det globale utbruddet av Covid-19, ble spørsmålene fokusert på denne sekvensen, hvilket reiste mistanker om et laboratorie-generert virus.

Dr. William Gallaher fra LSU Health New Orleans School of Medicine, professor emeritus fra den mikrobiologiske avdelingen, besørget følgende forklaring, tilbake i februar 2020, som samsvarer med svarene besørget av dr. Andersen.

Jeg ser ikke noen bevis i det hele tatt som støtter en slik påstand. I skarp kontrast, så har jeg studert spørsmålet i detalj, ved bruk av RaTG13- og Wuhan-sekvensene ved S1/S2-grensa. Jeg finner overbevisende bevismateriale for nøyaktig den motsatte konklusjonen – det at RaTG13 IKKE kunne være en proksimal kilde for Wuhan-viruset.

Han fortsetter, med å forklare:

Man må vurdere at PRRA er en uvanlig sekvens å skulle introdusere for å generere et furin- spaltningssted – andre, til-og-med blant koronavirus som MHV A59 er så mye bedre. Også, det at den underliggende koden CCTCGGCGGGCA introduserer en unødvendig G- og C-rik region der ingen ellers eksisterer. Dette er ikke sannsynlige scenarier for noe en ‘gen-jockey’ ville gjøre. Så ser man på selve RNA-justeringen. Det som skulle være et ‘insert’ [satt inn] er faktisk ikke in frame [i ramma], men er CTCCTCGGCGGG, eller – 2 out-of frame [se dr. Andersens kommentarer ovenfor.] Igjen, hvem ville gjøre det?

Dette innebærer at furin-spaltningsstedet som er tilstede i SARS-CoV-2, til tross for Wades påstand, er tilstrekkelig klønete og ineffektivt i sin konstruksjon til at en «gen-jockey» ikke vil anvende en slik konstruksjon, for å lage et furin-spaltningssted fra starten av.

Han bemerket også på det tidspunktet at RaTG13 og SARS-CoV-2 var tilstrekkelig divergerende til at RaTG13 ikke kunne være den «proksimale kilden for nCoV2019».

Dr. Gallaher konkluderer:

Gitt at furin-spaltningssignaler er tilstede i andre koronavirus akkurat på det punktet i S1/S2-grenseområdet, det bare SER uvanlig ut, spesielt mot bakteppet av SARS. Overvekten av bevismateriale, kombinert med Occam’s razor (at den enkleste forklaringen er å foretrekke) tilsier at PRRA-sekvensen har blitt bevart i nCoV2019, fra et forfedrevirus fra for lenge siden. Det er ikke en mistenkelig opprinnelse. Den nærmeste flaggermus-virussekvensen er egentlig ikke nær i det hele tatt.

Den vitenskapelige metoden vs. konspirasjonsteorier

Videre på dr. Andersens respons på spørsmål 2:

Alle av SARS2’s funksjoner som for oss antydet mulig engineering [manipulering] ble identifisert i relaterte CoVs i første halvdel av 2020, som i vesentlig grad ugyldiggjorde vår tidligere hypotese om engineering og i stedet styrket argumentet for en naturlig opprinnelse. I dagene umiddelbart etter min e-post til dr. Fauci ble ytterligere data utgitt (eller vi ble klar over dem), deriblant hele RaTG13’s genom.

Da vi fulgt opp vår preliminære analyse gjorde vi mye mer omfattende undersøkelser både på RaTG13 og andre CoV-genomer, for å sammenligne genomisk mangfold bredere, på tvers av CoVs. Vi så på alt av litteraturen fra WIV, vi gransket vanlige virus-ryggrader og molekylære og cellulære kloningsteknikker som blir anvendt ved WIV og UNC, og undersøkte sekvens-datasett produsert fra WIV og ECOHEALTH, og utførte KMER-baserte (fylogene studier) og rekombinasjonsanalyser på SARS -CoV-2. Vi hadde også mange overveielser om sannsynlighetene relatert til virus-framveksten, virus-oppdagingsfangst, virusmanipulering, laboratorie-lekkasje, osv. Mange av analysene ble sluttført i løpet av dager, og tillot oss relativt raskt å avvise vår prelimonære hypotese om at SARS -CoV-2 kunne ha blitt engineered.

Dette er et lærebokeksempel på den vitenskapelige metoden, der en foreløpig hypotese blir avvist til fordel for en konkurrerende hypotese, når flere data ble tilgjengelige og analysene blir sluttført. Følgelig, mer omfattende analyser og signifikante tilleggsdata førte til de vitenskapelig støttede konklusjonene i vårt ‘Proximal Origin’-dokument, som var en fagfellevurdert studie publisert i Nature-Medicine i mars 2020. På grunn av begrensninger på lengde og antall sitater for artikkelformatet, kunne ikke alle analyser som ble utført beskrives, og alle relevante artikler henvises til.

Responsen fra Andersen i hans tweets er i en betydelig grad hans forsøk på å kjempe for vitenskapelig sannhet og dens metoder, der han adresserer gjentatte ganger forsøken fra politisk motiverte forskere som bruker deres tilgang til den borgerlige pressen for å framføre deres ikke-reviderte og partiske konklusjoner, som har farlige geopolitiske konsekvenser.

I en konkret sak, Wall Street Journal publiserte 6. juni en uttalelse fra Stephen Quay og Richard Muller, der de skrev: «Kinas Kommunistparti har vært tilbakeholdne med å gi ut relevant informasjon. Rapporter basert på amerikansk etterretning har antydet at laboratoriet samarbeidet på prosjekter med det kinesiske militæret.» Faktisk har amerikansk etterretning bare fremmet hypoteser basert på lavnivå-bevis, som betyr at disse påstandene forblir i spekulasjonsterrenget.

Paret skriver videre:

I gain-of-function forskning, dvs. manipulering/engineering for å frambinge nye funksjoner, [som dr. Shi ettertrykkelig har benektet å ha utført], kan en mikrobiolog øke dødeligheten av et koronavirus enormt ved å spleise en spesiell sekvens inn i genomet, på en førsteklasses beliggenhet. Det å gjøre det etterlater ingen spor av manipulering. Men det endrer virusets piggprotein, som gjør det lettere for viruset å injisere genetisk materiale inn i offercella. Siden 1992 har det vært minst 11 separate eksperimenter som har tillagt en spesiell sekvens på samme lokalisering. Sluttresultatet har alltid vært superladede virus.

Hva angår gain-of-function superladning, andre sekvenser kunne ha blitt spleieset inn på samme sted. I stedet for en CGG-CGG (kjent som «dobbelt CGG») som forteller proteinfabrikken å lage to arginin-aminosyrer på rad, du vil oppnå like stor dødelighet ved å spleise en av 35 av de andre to-ordskombinasjonene for dobbelt arginin. Dersom innsettingen finner sted naturlig, for eksempel gjennom rekombinering, da er det langt mer sannsynlig at én av de 35 andre sekvensene kommer til syne; CGG er sjelden i bruk i klassen av koronavirus som kan rekombinere med CoV-2.

Nok en gang, anliggendet om furin-spaltningsstedet (FCS) dukker opp igjen.

Som respons på Quay og Muller svarte dr. Andersen: «FCS i seg selv er ikke et optimalt sted (for spalting) og har aldri tidligere blitt brukt i CoV-eksperimenter, så vidt jeg vet – i motsetning til mer optimale steder, som er blitt tillagt inn i SARSr CoVs for grunnleggende forskning.»

Er FCS en «rykende pistol»?

Dr. Andersen tar også opp kommentarene fra dr. David Baltimore, en nobelprisvinner og biolog som ble mye referert av «lab lekkasje»-forfektere da han kalte disse genetiske funnene «den rykende pistol» som viser laboratorie-manipulering. Han supplerte denne påstanden, der han hevdet at «disse funksjonene byr en kraftig utfordring for idéen om en naturlig opprinnelse for SARS-CoV-2.»

Men nyligere har dr. Baltimore, ifølge Guardian, padlet tilbake på sin uttalelse, der han prøver å finne en mer balansert posisjon, for å beskytte sitt omdømme. I en e-postutveksling med Los Angeles Times skrev han: «Jeg burde ha myknet uttrykket ‘smoking gun’, for jeg tror ikke at det beviser opprinnelsen til furin-spaltingsstedet, men det høres slik ut. Jeg tror at spørsmålet om hvorvidt sekvensen ble satt inn naturlig, eller ved molekylær-manipulering er veldig vanskelig å fastslå, men jeg vil ikke utelukke noen av opprinnelsene.» I utveksling med tidsskriftet Nature, foredlet han sin posisjon: «Det er andre muligheter, og de må få nøye vurdering, som var alt jeg egentlig mente å si.»

Guardian satte disse tilbaketrekningene i kontekst, da avisa skrev: «Gitt hans betydelige rykte, kunne Baltimores dramatiske sitat ‘smoking gun’ tidlig i mai, ha drevet mye av den gjenoppståtte interessen for Wuhan lab-lekkasjeteorien, i parallell med fornyet rapportering om ikke-verifiserte påstander fra etterretningsagenturer om at tre ansatte ved Instituttet for virologi i Wuhan (IVW) ble innlagt på sykehus i november 2019 med symptomer som samsvarer med Covid-19 eller sesongmessig influensa.»

Der vi fortsetter med dr. Andersens kommentarer, som avkrefter dr. Baltimores initielle kommentar og utdyper, om enn i svært teknisk shorthand, hvorfor ståket over furin-spaltningsstedene er fullstendig feilplassert:

[Imidlertid], nøyaktig samme FCS funnet i SARS-CoV-2, kan finnes i forskjellige virus, inkludert Feline koronavirus (FCoV), som er et alfakoronavirus. FCS er ikke optimalt, og selv om det er «tilstrekkelig» for SARS-CoV-2’s «suksess» som et pandemisk virus, er det ikke et ideelt sted som definert av den kanoniske R-X-K/R-R FCS sett i mange proteiner (virale og ellers). Det er imidlertid viktig at den siste måneden har vi begynt å se CoV’s [FCS] mutere mot rester som skaper mer optimale furin-lokaliseringer – P681H og spesielt P681R, som finnes i B.1.1.7 og B.1.617.x, som antyder at viruset kan utvikle seg mot mer effektiv bruk av lokaliseringen.

Så, Baltimores første poeng – at det FCS funnet i SARS-CoV-2 er på en eller annen måte uvanlig – det er rett-og-slett feil. FCS-er finnes i ei rekke forskjellige koronavirus, ofte kommer og går det ‘indels’ [et molekylærbiologisk begrep for innsetting eller sletting av disse nukleotidene i genomet], og den nøyaktige (P)RRAR kan bli funnet i andre koronavirus.

Nå, the codones. Her snakker Baltimore (og Quay/Muller) om de to codones som koder for de to første argininene (R) etter P-CGG. CGG-codon er sjelden i viruser fordi det er et eksempel på en umetylert «CpG»-lokalisering som kan være bundet av TLR9, som fører til aktivering av immunceller. Til tross for at de er sjeldne *finnes* imidlertid CGG-codons i alle koronavirus, om enn med lav frekvens. Spesifikt, av alle arginincodons, brukes CGG ved disse frekvensene i disse forskjellige virusene: SARS: 5%; SARS2: 3%; SARSr: 2%; ccCoVs: 4%; HKU9: 7%; FCoV: 2%. Ingenting uvanlig her.

Et siste poeng om CGG-codons i FCS – dersom de på en eller annen måte var ‘unaturlige’, da ville vi se SARS-CoV-2 utvikle seg vekk fra ‘CGG’ under den pågående pandemien. Vi har mer enn en million genomer å analysere, så hva finner vi hvis vi ser på synonyme mutasjoner på lokaliseringen ‘CGG_CGG’? Bemerkelsesverdig stabilt. Spesielt, CGG er 99,87% konservert i første codon og 99,84% konservert i den andre. Dette er *veldig* sterkt bevis for at SARS-CoV-2 ‘foretrekker’ CGG i disse posisjonene.

Så, Baltimores andre poeng holder heller ikke stikk, og ugyldiggjør hans hypotese om at ‘FCS ... med dets arginin-codons ... var den rykende pistolen for virusets opprinnelse’. Baltimore besørger ikke noe bevis som støtter hans hypotese, og dataene støtter en naturlig opprinnelse.

Motbeviser dette en lab-lekkasje? Nei. Det motbeviser imidlertid at det er en ‘rykende pistol’ om FCS, og besørger ytterligere bevis for naturlig framvekst – men det *beviser* heller ikke det scenarioet. Til den dag i dag har vi enda ikke sett noe vitenskapelig bevis som støtter en lab-lekasje. [Utheving tillagt]

Som respons på WSWS’ spørsmål angående påstander fra forskere om SARS-CoV-2’s genetiske stabilitet i mennesker, forklarte dr. Andersen: «Da det [SARS-CoV-2] rant over, er det feil å si at det var ‘vel-tilpasset mennesker’. Det vet vi, fordi 1) Framveksten av varianter av bekymring (VOC) og menneskelig tilpasning som pågår, 2) viruset kan forflytte seg mellom arter uten noen evolusjon – f.eks. til mink, og 3) Pangolin CoV-er binder enda sterkere til menneskelige ACE2-reseptorer.»

Fortsettelse følger